BLUE REFLECTION: Second Light segue as aventuras de três estudantes, Ao Hoshizaki, Kokoro Utsubo e Yuki Kinjou. De repente transportadas para uma misteriosa academia flutuante, elas decidem procurar pistas para encontrar uma maneira de voltar para casa. Desprovidas de qualquer lembrança, elas só se lembram de seus nomes. Um dia, elas descobrem um caminho para um novo mundo, mas quando tentam desvendar o mistério, são imediatamente atacadas por uma horda de monstros sanguinários. Ao enfrentar essas criaturas vis, elas desbloqueiam poderes até então desconhecidos, o que apenas aumenta o caráter enigmático de seu ambiente.